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低聚果糖的分子式可以表示为G-F-Fn（n=1,2,3，G为葡萄糖，F为果糖），这是一种由果糖基与蔗糖分子中的果糖基结合生成的蔗果三糖、蔗果四糖和蔗果五糖等的混合物，因此没有单一的分子式可以准确表示所有类型的低聚果糖。
通过现代生物工程技术中的果糖基转移酶转化、精制而成。低聚果糖广泛存在于多种天然植物中，如香蕉、黑麦、大蒜、牛蒡、芦笋根茎、小麦、洋葱、马铃薯、雪莲果、菊芋、蜂蜜等。
低聚果糖一般为白色或微黄色无定型粉末（颗粒为白色或微黄色无定型颗粒），无异味，保持了蔗糖的甜味性质，但甜度略低于蔗糖，约为蔗糖的0.3-0.6倍。
